Para ello hay una ventana de tiempo entre enero y febrero antes del Draft de la NFL, durante el cual el equipo interesado negocia con el jugador o con su representante para llevarlo de las filas del fútbol canadiense a las del fútbol americano. Sin embargo, Lapalma, con la número 10, tuvo un primer partido soñado: luego de un primer tiempo sin goles ni acciones destacables, con patente “falta de mejor estado físico” de los equipos, a los dos minutos del segundo tiempo tuvo una actuación de antología cuando recibió el balón en el borde del área, de espaldas al arco, lo bajó con el pecho y lo metió de chilena, ¡ Por otro lado, El Mercurio señala que los goles de Miranda fueron anotados a los 15 y 85 minutos, el de Iacoponi a los 16 minutos, y el de González a los 43 minutos. Los equipos que hicieron parte de dicho cuadrangular fueron Santa Fe, Independiente Medellín, Atlético Huila y Cortuluá; finalmente, el Expreso Rojo logró imponerse a sus adversarios, al conseguir el cupo para participar en la Copa Conmebol. El partido de ida de la final se disputó el 15 de diciembre de 1999 en el Estadio Pascual Guerrero de Cali; Santa Fe se fue abajo en el marcador en el minuto 12 de juego, luego de que Nilson Pérez empalmara de manera providencial un balón bajado en el área, pero finalmente el rojo capitalino resultó dándole vuelta al marcador cuando al partido apenas le quedaban 13 minutos para su conclusión: al minuto 77 fue David Hernández quien empató el juego para los de Bogotá, y seis minutos más tarde Luis Alberto Moreno le dio la victoria final a Santa Fe, e hizo soñar tanto a hinchas como jugadores con la primera consagración internacional del equipo tras el subcampeonato en la Copa Conmebol.
A pesar de perder en la última fecha frente al Atlético Huila, Santa Fe llegó a la final. A pesar de hacer un gran partido en la ida venciendo a los togoleses por (1:0), fueron eliminados en la vuelta tras perder por (0:2). Al año siguiente, Engonga es despedido y su reemplazante es el brasileño Antonio Dumas, quien ya había estado en contacto con Guinea Ecuatorial pues era el seleccionador de Togo en aquellos partidos eliminatorios. En octavos de final, Santa Fe quedó eliminado a manos de las Chivas de Guadalajara, luego de que en la ida perdieran 3-0 y en el partido de vuelta en Bogotá se impusieran por 3-1, quedando eliminados con un marcador global de 4-3. Un factor determinante en dicha derrota fue el lamentable deterioro de la gramilla del Estadio Nemesio Camacho El Campín. Ese mismo año se disputa la 1.º edición de dicha copa, formando parte de esta Newell’s Old Boys, y de la cual se consagraría campeón. Ya en lo deportivo, Santa Fe se impuso sobre el Unión Magdalena en la final de la edición 1989 de la Copa Colombia; obtuvo en el encuentro de ida disputado en Santa Marta un valioso empate 0-0, y se impuso finalmente en Bogotá por marcador de 2-1, lo que le otorgó su primer título en esta competición, y acabó con 14 años de sequía deportiva para el club.
Obtuvo al final de esta fase su clasificación a semifinales como primero de su grupo con 13 puntos, uno más que el Caracas, que fue el segundo mejor clasificado del torneo, camisetas de futbol replicas lo que le permitió enfrentarse de nuevo al “Expreso Rojo” en la penúltima fase de la copa. Santa Fe ocupa el segundo lugar en la fase regular con 74 puntos, 12 menos que el líder y posterior campeón América de Cali, finalmente en el cuadrangular final el equipo sería último, con un total de 7 unidades. Santa Fe comenzó la temporada 2006 clasificando a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2006, luego de empatar sus dos juegos contra el Defensor Sporting de Uruguay, pero gracias a sus anotaciones como visitante en el empate 2-2 en Montevideo, y la paridad 0-0 en Bogotá, el equipo bogotano se logra ubicar en el grupo 2 de la copa. Pasaron 3 años para que Santa Fe figura de nuevo en el panorama internacional, esta vez en la Copa Merconorte 1999, gracias a una invitación que le hizo la Conmebol, y donde participó junto a Millonarios y América de Cali, como representativos colombianos.
Este torneo contó con 15 participantes, pues Villa Española fue descendido tras no poder pagar las deudas que debía a la Asociación Uruguaya de Fútbol. 2003. En el Torneo Apertura 2004 culmina 13.º, y en el Torneo Finalización 2004 culmina 10.º, con chances de clasificar a los cuadrangulares hasta la última fecha. En el Finalización estuvo dentro de los ocho primeros hasta la última fecha, cuando cayó de visitante ante el Once Caldas por 0-2, por lo que quedó noveno con 32 puntos, los mismos que Atlético Nacional, pero con menor diferencia de gol, quedando afuera de los cuadrangulares de ese torneo. La posición final en la liga se determina en primer lugar por los puntos obtenidos, y luego por la diferencia de goles y, a continuación, si fuese necesario, una comparación entre los resultados de dos o más equipos de la clasificación mediante los tres criterios y, por último, una serie de uno o varios partidos de desempate. Nómina de la final Copa Merconorte 1999: Agustín Julio; Iván López, Adelmo Vallecilla, Hilario Cuenú, Edison González, Luis García, Emir González, Luis Moreno, Aldo Leão Ramírez, Wilson Cano, Jeffrey Díaz. Suplentes: Agustín Julio, Alejandro Zea, Grigori Méndez, Jhon Pérez y Farley Hoyos Dirección Técnica: Pablo Centrone.