En una época en la cual aún se mantenía latente la Segunda Guerra Mundial, el entonces presidente de la Asociación de Fútbol del estado de Nuevo León, Ángel F. Escobedo, logró llevar a la ciudad de Monterrey la celebración del Campeonato Nacional de Fútbol Amateur. Finalmente con el paso de los años el nombre regresaría a ser Club de Fútbol Monterrey manteniendo su identidad como asociación civil. La temporada 00/01 iba a ser un año tranquilo donde el equipo deambuló por la mitad de la tabla, terminando finalmente en undécima posición. Iniciados los años setenta el club lucha por ascender a Segunda División, logrando en la campaña 72/73 ser subcampeón. El 20 de marzo de 1960 el equipo regiomontano, que ya tenía como presidente a Lorenzo Garza Sepúlveda, logró nuevamente el título y con ello el ascenso a la Primera División, de la cual no ha vuelto a descender, al vencer 3-0 al Orizaba en el Tecnológico con goles de Julián Briseño, penal del «Moro» Juárez y un gol de Eugenio Almirón.
Como consecuencia el domingo 6 de julio de 1952 se informó que el Monterrey no fue aceptado para jugar en la segunda división, pero los directivos se declararon en sesión permanente y lucharon para que se modificara el fallo. Fue así como el 24 de abril de 1945, Ángel F. Escobedo anunció la creación del primer club regiomontano de fútbol organizado, así como su ingreso a la Liga Mayor para la temporada 1945-46. El novel equipo fue formado en su base por jugadores que se coronaron con Nuevo León, tales como Avilán, Bladé, Buanabad, Lizano, Maciel, Rivas, Rivera, y Robles, dirigidos por el también campeón estatal Manuel Galán, además de designar al mismo Estadio Cuauhtémoc y Famosa como su sede para jugar sus partidos de local. En los años siguientes cada vez la clasificación fue empeorando, hasta que en la temporada 06/07 el equipo hizo una mediocre campaña, y obtuvo 45 puntos en 38 partidos, y con sus jugadores sin cobrar por 6 meses, finalizó en decimosexta posición, lo que le obligó a jugar 2 partidos de promoción contra el UD Pájara Playas. El equipo acabó penúltimo con 43 puntos en 42 partidos.
Sin embargo, el equipo se desfondó en las últimas jornadas. El equipo no empezó del todo mal, pero con el paso de las jornadas la clasificación fue empeorando. Volvería a la victoria con un 3-1 ante Togo, pero empataría las siguientes 3 jornadas. A pesar de que en el lugar del siniestro no hubo muertos, muchos resultaron con serias quemaduras y otros con heridas causadas por los vidrios de las ventanas cuando saltaron a través de ellas. En medio de la tragedia, el jugador José «Che» Gómez se convirtió en héroe al salvar de una muerte segura a varios de sus compañeros terminando con quemaduras en el cuerpo y la ropa hecha jirones. El gol del triunfo y primero de toda la historia del Monterrey lo anotó el hispano-argentino José «Che» Gómez. En el Torneo Clausura 1997, en un partido entre Lanús y Vélez Sársfield, Roa marcó un gol. Por fin, en la temporada 1996-1997 quebró la maldición de la mano de Patricio Guevara, autor del gol con el que los taurinos rompieron la sequía al imponerse al AFC Euro Kickers. Incluso, pedían que el equipo regiomontano cubriera por lo menos la mitad de los gastos de traslado, algo que fue rechazado cabalmente.
El equipo que le genera mayor rivalidad deportiva a la institución son los Tigres de la UANL, con quien se enfrenta en el llamado Clásico Regiomontano. En esa misma temporada se funda un nuevo equipo llamado Extremadura Unión Deportiva. En esta final, a diferencia de la temporada 2015-16, el Sevilla F. C. ejerce como local, pues la RFEF ha reconocido como fecha de fundación del club andaluz el año 1890, mientras que la del F. C. Barcelona es en 1899. Según la RFEF, el equipo con la fecha de fundación más antigua es el que juega como local. En mayo de 2018, camisetas de futbol replicas es la única vez que Suecia no ha logrado sumar puntos en un torneo de la Copa del Mundo. A pesar de problemas económicos y de que en ese entonces el béisbol era el deporte predilecto en la ciudad, el torneo se desarrolló exitosamente del 25 al 31 de marzo de 1945, en el ahora desaparecido Estadio de Béisbol Cuauhtémoc y Famosa.