Durante todo el campeonato el elenco verdolaga no sólo mantuvo su regularidad, sino que lo hacía exhibiendo un fútbol vistoso. En mayo, el elenco verdolaga inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de «Independiente Nacional», denominación adoptada por los jugadores para declarar que no solo era un equipo compuesto únicamente de jugadores colombianos sino que estos actuaban de forma «independiente» al sistema vigente en el fútbol colombiano, en el que los equipos no tenían problema en garantizar la titularidad de los jugadores extranjeros en los partidos en detrimento de los futbolistas nacionales. Puesto que los jugadores extranjeros eran demasiado costosos, sólo futbolistas colombianos hicieron parte de la natillera; entre ellos se encontraban cuatro jugadores del desaparecido Independiente Medellín. Prueba de la crisis son los cuatro técnicos que Nacional tuvo durante ese corto lapso, (José Etchegoyen, René Seghini, Julio Tóker, y Julio «Chonto» Gaviria) quienes no pudieron revertir los resultados y en cambio salían debido al bajo rendimiento del equipo. Ante todos los otros rivales, el equipo verdolaga acumuló dos puntos más que el conjunto azucarero, pero ante su rival directo, Nacional sólo ganó uno de los cuatro partidos que disputaron a lo largo del año.
En 1964 el argentino, Juan Urriolabeitia que había llegado el año anterior junto con Balassanián y otros compatriotas suyos, se convirtió en técnico y jugador al mismo tiempo. Conquista Mii Puedes construir tu poder militar encontrándote con otros jugadores, aunque quizá no quieran darte sus soldados y te desafíen a un combate. A finales de marzo de 1958, cuando ya era un hecho confirmado que el Independiente Medellín desaparecía una vez más, Nacional hacía una declaración similar en la que informaba de su liquidación y en la que sólo se le renovaría el contrato a cinco jugadores, dejando al resto en libertad de escoger donde jugar ese año. Urriolabeitia mantuvo el doble cargo hasta mitad de año cuando se contrató al uruguayo Juan Eduardo Hohberg, camiseta paris saint germain quien también se desempeñaría como jugador y técnico al la vez. Para el Apertura 2015 el equipo consigue estar invicto hasta la penúltima jornada, jornada que perdió por un marcador de 2-1 contra los Pioneros de Cancún terminando el torneo en el tercer lugar general. En junio de 1968 comenzó una tercera y corta etapa de criollismo que duró hasta mayo del año siguiente.
Durante la última semana de abril y la primera semana de mayo, en torno al 3 de mayo tiene lugar la celebración de las fiestas en honor a la Santa Cruz, situadas en el barrio del Palmeral de Sangonera la Verde. Según el nomenclátor de 2013, Sangonera la Verde o Ermita Nueva es una entidad singular de población del municipio de Murcia, con 3 núcleos de población y un diseminado. En respuesta, los dirigentes hicieron la liquidación final de la sociedad anónima; crearon una sociedad limitada con el mismo nombre que procedió a adquirir las acciones de la sociedad liquidada y, así, absorberla dentro de la nueva entidad (en una maniobra legal luego conocida como fusión impropia); nombraron como presidente al señor Rafael Uribe Restrepo; y reportaron a la DIMAYOR la nómina de jugadores contratados y listos para afrontar la nueva competición. Pronto se convertiría en presidente y se mantendría vinculado a la institución durante veintidós años.
De la Argentina, Hernán Botero (que ya era presidente) contrató a Juan Carlos Baiolli y un trío de volantes que después serían conocidos como los «Óscares»; Óscar López, Óscar Romero y el creador, Óscar «El Coco» Rossi, quien había jugado para la selección de su país en el mundial de Chile 1962. Junto con ellos el presidente contrató al arquero Luis Largacha, al paraguayo Onofre Benítez, a los argentinos (que ya jugaban en Colombia) Eugenio Casalli y Oswaldo Sierra. La nómina del 71 la completaban, entre otros, Gerardo «El Alemán» Moncada, Teófilo Campáz, Gilberto Osorio, Gustavo Santa, Javier Tamayo, Hugo Gallego, Juan Carlos Lallana y Hernando Piñeros. Sin embargo en la cuarta fecha del torneo Finalización cayó en un bache deportivo y pasó 18 fechas sin ganar (mayor cantidad de juegos sin victorias del verde). El torneo comienza con dos fases eliminatorias. Para ello, hablaron con los liquidadores del equipo, Francisco Robles y Antonio Patiño Vinasco, con el fin de que este último, gracias a su relación con las directivas de la DIMAYOR, mantuviera los derechos de participación (o ficha) del Atlético Nacional y, así, que la natillera pudiera disputar el torneo profesional de fútbol. El encargado de realizar las gestiones fue José de Mendizábal, nacido en España y residente en Chile.