Durante la presidencia de Agustí Montal Costa se llevaron a cabo varias iniciativas para reorganizar el fútbol base. El 31 de agosto de 1924 durante la presidencia de un partido ante el Real Sporting de Gijón en el estadio de El Molinón del Príncipe de Asturias S. A. R. Don Alfonso de Borbón y Battenberg, se le ofrece la Presidencia de Honor del club a S. M. el Rey Alfonso XIII por medio del Príncipe de Asturias. El encuentro de ida realizado el 24 de enero del 2013 terminaría a favor del conjunto cardenal por 2-1; en el Partido de vuelta, los rojos ganarían por 1-0 realizado el 27 de enero del 2013, con un marcador global de 3-1, coronándose campeón de la Superliga de Colombia 2013 ante su hinchada. El 24 de enero de 2015 se enfrentaron en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín, Atlético Nacional, campeón del Apertura 2014 e Independiente Santa Fe, campeón del Finalización 2014. Los locales abrieron el marcador con gol de Jonathan Copete (12′), Wilson Morelo empató para Santa Fe (43′); en el minuto 58, Harold Cummings cometió mano en el área, tarjeta amarilla y tiro penal, que convirtió Luis Carlos Ruiz.
El 27 de enero del 2013, el Equipo capitalino Independiente Santa Fe se coronaria campeón de la Superliga Colombiana 2013 por primera vez en su historia, al enfrentarse en el Clásico Capitalino ante su eterno rival de patio Millonarios. Lastimosamente, el equipo capitalino, perdería el partido de ida de la final de la Copa Colombia ante el Tolima 2 a 0, que a pesar de ganar el partido de vuelta, no alcanzaría y tendría que conformarse con un subcampeonato de copa. En el segundo semestre del año, Santa Fe disputó la Copa Sudamericana 2015, en condiciones difíciles, ya que sufrieron lesiones importantes varios de los principales jugadores: el capitán, Omar Pérez en una rodilla, Sergio Otálvaro en una clavícula, y el más grave Dairon Mosquera, ruptura del tendón de Aquiles; además, en el curso del torneo, fue licenciado Luis Quiñones por indisciplina. En una final internacional, perdió frente a América de Cali en la Copa Merconorte 1999; como hecho curioso, Rufay Zapata defendió los colores del América ese día y, en esta final de 2015, él fue el encargado de detener los cobros de los jugadores de Huracán. Nómina campeona del Torneo Finalización 2014: Camilo Vargas, Yulian Anchico, Yerry Mina, Francisco Javier Meza, Dairon Mosquera, Luis Carlos Arias, Daniel Torres, Juan Daniel Roa, Omar Pérez, Wilson Morelo, Jefferson Cuero, Róbinson Rufay Zapata, Yair Arrechea, Armando Vargas, Ricardo Villarraga, Luis Manuel Seijas, Michael Rangel, José Julián de la Cuesta, Wilder Medina, Darío Rodríguez, Sebastián Salazar, Jhon Fredy Miranda, David Ferreira, Héctor Antonio Urrego, Juan Guillermo Pedroza y Libis Arenas.
Nómina campeona de la Superliga de Colombia 2015: Róbinson Rufay Zapata, Juan Daniel Roa, Yerry Mina, Francisco Meza, Dairon Mosquera, Luis Carlos Arias, Daniel Torres, Yulián Anchico, Omar Pérez, Wilson Morelo, Luis Páez. El primero en cobrar fue Mauro Bogado, y Rufay Zapata atajó el cobro y le dio la ventaja a Santa Fe; Omar Pérez cobró a la derecha de Marcos Guillermo Díaz, el balón se coló por debajo del arquero, y Santa Fe puso la serie 1-0 a su favor. Nómina campeona de la Copa Sudamericana 2015: Róbinson Rufay Zapata, Yulián Anchico, Yerry Mina, Francisco Meza, Leyvin Balanta, Baldomero Perlaza, Yeison Gordillo, Juan Daniel Roa, Luis Manuel Seijas, Wilson Morelo, Daniel Angulo, Leandro Castellanos, Harold Cummings, Sergio Otálvaro, Sebastián Salazar, Almir de Jesús Soto, Darío Rodríguez, Omar Pérez, Miguel Borja, Yilmar Mosquera, Héctor Antonio Urrego, Dairon Mosquera, Yair Arrechea, Carlos Enrique Valdés, Armando Vargas, Jordy Monroy, Ricardo Villarraga, Yair Arboleda, Juan Manuel Leyton y Luis Quiñones. Nómina campeona Torneo Apertura 2012 : Camilo Vargas, Sergio Otálvaro, Julián Quiñones, Francisco Meza, Luis Carlos Arias, Yulián Anchico, Daniel Torres, Juan Daniel Roa, Omar Pérez, Jonathan Copete, Diego Cabrera, Juan Manuel Leyton, Germán Centurión, Héctor Urrego, Hugo Alejandro Acosta, Gerardo Bedoya, Edwin Cardona, Mario Gómez, Óscar Rodas, Mateo Biojo, Alejandro Miguel Galindo, Héctor Salgado, Martín Aguirre, Didier Moreno, Juan Guillermo Vélez, Jorge Luis Ramos, Cristian Camilo Álvarez, Bryan Alberto Rebellón, Robert Jiménez, Andrés Angulo, Juan Guillermo Pedroza y Juan Sebastián Hernández.
Sin embargo, Santa Fe hizo valer su condición de local y ante 37.000 espectadores, fue el encargado de poner cifras claras en el tanteador por intermedio de uno de los jugadores más destacados durante la campaña, el delantero Jonathan Copete, quien a los 71 minutos de juego recibió de cabeza un balón de tiro libre ejecutado por el argentino Omar Sebastián Pérez, dio así la ventaja al cuadro cardenal en la serie global con el que, a la postre, fue el gol que acabó con una sequía de títulos de 36 años, 6 meses y 24 días en la Categoría Primera A para el cuadro capitalino. A pesar de los inconvenientes, el equipo viajó a Buenos Aires para disputar la ida de la final en el Estadio Tomas A. Ducó el 2 de diciembre de 2015. En un partido muy cerrado, Santa Fe consiguió un valioso empate 0-0 ante Huracán. Con la serie 3-1, Huracán debía hacer un gol para mantenerse con vida, y el encargado fue Patricio Toranzo; sin embargo, el mediocampista estrelló su balón en el horizontal, y sentenció la serie a favor de Santa Fe que, para la alegría de sus hinchas, se coronó campeón de la Copa Sudamericana 2015. Fue su segundo trofeo internacional oficial y lo convirtió en el primer equipo colombiano en ganar este título.
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